Les activités générales de l’IMEF se financent dans le cadre de son budget ordinaire et font l’objet de postes budgétaires par activités, dont le résultat est consolidé annuellement.
Les activités particulières de l’IMEF sont définies comme des projets, dont chacun est conduit par un « directeur de fondation » nommé par le comité Exécutif.
Un projet est éligible s’il est conforme à l’objet social de l’IMEF, défini à l’article 4 de ses statuts, après avoir été accepté comme tel ou amendé par décision de son Comité exécutif statuant à la majorité simple.
L’autonomie budgétaire d’un projet par l’instauration d’un fonds à objet spécifique est décidée par le comité exécutif, qui définit également la nature des relations avec le promoteur du projet et établit une lettre de mission précisant ses objectifs stratégiques et opérationnels, la durée du mandat et les moyens mis à disposition ainsi que la périodicité et la manière dont lui seront rendues compte les activités exercées.
L’IMEF accepte les dons, legs et subsides publics et privés, ainsi que les dons et legs de biens immobiliers, par le biais de son Comité Exécutif.